دانش آموختگان مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری حرفه ای برای تکمیل آموخته های قبلی خود می توانند به ترتیب در مقاطع بالاتر نظیر کارشناسی ارشد، دکتری تخصصی (Ph.D.)، تخصص و فوق تخصص به ادامه تحصیل بپردازند. هدف کلی مدیریت تحصیلات تکمیلی دانشگاه حفظ و توسعه کمی و کیفی تحصیلات تکمیلی در دانشگاه و نظارت بر اجرای قوانین مربوطه می باشد. در حال حاضر دانشگاه علوم پزشکی شیراز در ۵۳ رشته کارشناسی ارشد، 49 رشته دکتری تخصصی، ۲۰ رشته دکتری پژوهشی، ۲۲ رشته فوق تخصص، 32رشته تخصص و 36 رشته فلوشیپ دانشجو می پذیرد.